Caldera je poslední bašta Inkvizice, která se stále soustřeďuje na poražení titánů. Na moři ovšem vládnou bouře, kvůli kterým jsou zásobovací lodě odsouzeny ke ztroskotání. Jednoho dne je na pevninu vyplavena Patty, hrdinova přítelkyně z prvního dílu, díky čemuž se hrdina zase rozvzpomene na svůj osud.
Kromě Patty vás čeká mnoho známých a ještě více nových postav. Na začátku hry také potkáte Carlose, bývalého velitele vojáků v přístavu na Faranze. Prozradí vám, že otec Patty, Greg(orius) Stahlbart, našel způsob, jak plout světovými oceány tak, aby jeho loď nebyla potopena. Hrdina se připojí ke své staré přítelkyni, aby našel jejího otce spolu s jeho tajemstvím a současně také zachránil svět.
Výhodou více ostrovů je to, že díky nim mohou být realizována různá klimata a k nim příslušející prostředí a monstra. Každý ostrov tak bude mít svou unikátní vegetaci a monstra. Na již jednou navštívené ostrovy se však vrátíte, jelikož vás tam zavedou události ve hře.
