Arion Sherwind a jeho přátelé ze slavného fotbalového týmu jsou zpět v novém dobrodružství, ale v Raimon Junior High se stalo něco divného. Arion se ocitá ve světě bez fotbalu a musí vyřešit jeho záhadné zmizení. Cestujte s ním v čase a vytvořte dokonalou jedenáctku, která přivede fotbal zpět.
Příběh začíná když Arion Sherwind zjistí, že jsou o legendárních fotbalových činech Raimon Junior High z ničehe nic nikdo neví. Tam, kde kdysi stál velký fotbalový stadion, nyní leží baseballové hřiště. Děti, které dříve kopaly míč na ulici, mají nyní plné ruce práce s basketbalem, gymnastikou, hudbou a kaligrafií. V tomto paralelním světě, kde fotbal přestal existovat, musí Arion zjistit, co s jeho oblíbenou hrou stalo. Musí odhalit temné záměry El Dorado - světové vládnoucí rady - a čelit ničemům ohýbajícím samotný čas, aby navrátil fotbal zpátky do světa.
Ve hrách Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Wildfire a Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Thunderflash vás čekají úžasné herní inovace. První novinkou je funkce Miximax, díky které lze sloučit aury různých hráčů, kteří se tak stanou ještě silnějšími. Miximax nabízí potenciál pro bezpočet kombinací dovedností hráčů a zlepšování statistik. V kombinaci s novým “brněním” fighting Spirits nabídnou Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Wildfire a Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Thunderflash nejucelenější teambuildingové možnosti, jaké byly dosud v sérii vidět.
Systém Fighting Spirit umožní speciální pohyby a výrazně zvýší hráčovy statistiky, což bude mít výrazný vliv na průběh zápasů. Fighting Spirits obklopují tělo hráče jako klasické brnění, zároveň jsou ovšem všechny hráčovy schopnosti výrazně vyšší a speciální pohyby se stávají ještě silnějšími.
Série Inazuma (jejíž známkou je exkluzivní obsah, jedinečný pro každou verzi) se vrací, spolu s rozličnými příběhovými událostmi, postavami, předměty a cutscenami exkluzivně pro každý titul. Stejně jako v předchozích částech mohou hrát zápas společně až čtyři osoby přes Wi-Fi. Po uvedení na trh bude přístupno více postav a předmětů ke stažení, což umožní hráčům vytvořit ještě silnější tým.
Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Wildfire i Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Thunderflash jsou jedinečnou kombinací RPG a fotbalové akce, doplněnou o cestování časem a inovativní dodatky. Obě hry vychází na 27. března na Nintendo 3DS a Nintendo 2DS.